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畜禽粪便和作物秸秆等农业废弃物中含有丰富的植物营养元素和有机质，是一种良好的有机肥源，能够提高土壤的可利用性氮、磷、钾、有机质的含量以及促进地上植物的生长。但未腐熟的畜禽粪便和秸秆施入土壤后，由于不稳定有机物的强烈分解，消耗根际土壤的氧气，并产生有机酸等有毒物质，抑制作物生长，只有腐熟后的粪便和秸秆才能作为有机肥，以增加土壤有机质含量、改善土壤的理化性质、提高作物的产量和品质。而堆肥化处理是实现农业废弃物腐熟化最便捷、最有效的途径。堆肥过程实质上是有机物质稳定化和腐殖化的过程，腐熟堆肥中的腐殖质还能够显著降低重金属和持久性有机物的活性，具有极好的解毒能力。畜禽粪便不经过发酵处理直接使用会有很多的危害，具体表现在：
传染病虫害：粪便中含有大肠菌、线虫等病菌和害虫，直接使用导致病虫害的传播、作物发病，对食用农产品的人体健康也产生影响；未腐熟有机物质在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害，也导致植物病虫害的发生。
发酵烧苗：没有发酵的生粪施到地里后，当发酵条件具备时，生粪便开始发酵，若发酵部位距根较近，且作物植株较小，发酵产生的热量会影响作物生长，严重时导致植株死亡。
毒气危害：在分解过程中产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤。
土壤缺氧：有机质在分解过程中消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性的处于缺氧状态，会使作物生长受到抑制。
肥效缓慢：未发酵腐熟的有机肥料中养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态，才能被作物吸收利用。所以未发酵直接施用使肥效减慢。
环境污染：养殖场采用直接施用方式消纳粪便，在农作物施肥高峰时粪便还可以处理掉；施肥淡季，粪便无人问津，只好任凭堆积，风吹雨淋，肥效流失，污染环境。
利用不便、效率低：未经处理的粪便，不易运输、体积大、有效成分低、使用成本高。有机物向腐殖质转化的时间较长，养分流失严重。
所以，畜禽粪便不能直接使用，必须经过发酵处理，而微生物发酵处理则又是更好的方法。利用速腐剂处理鸡粪、猪粪等畜禽粪便，能够达到保护环境、防止病害传染、防止养分流失等作用。